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兩者都是接在色譜柱前面，都可以起到防止固體顆粒物質堵塞色譜柱篩板的作用。

但是兩者也有區別，在線過濾器內是一個具有一定孔徑的篩板，只能過濾掉一些大于篩板孔徑的雜質。清洗的時候，只要取下篩板，分別用水和甲醇各超聲10min，就能正常使用了。保護柱的卡套中放置的是保護柱芯，大部分保護柱芯可以根據需要自行更換。柱芯內有填料，使用者需選用跟分析柱一致的填料作為柱芯的填料。保護柱芯不僅能過濾固體雜質，還能吸附一些強ji性、強酸性或者強堿性的物質，防止色譜柱內填料的污染，可以對色譜柱進行全方位的保護。

如何科學選擇保護柱，且不影響分離分析呢？首先要選擇與色譜柱填料規格一致的保護柱。對于大部分分析工作者來說，一只1cm長的保護柱便能提供充分的保護作用。當然保護柱越長，里面的填料越多，越能起到保護作用，但是樣品的保留時間也會相應增加。因而對于選擇保護柱的原則是：在滿足分離分析要求的前提條件下，盡可能的選擇較短的保護柱，盡可能選擇對分離樣品小一些保留性的填料。

目前市面上的保護柱和在線過濾器，主要有兩種類型：直連式和獨立式。直連式結構是可以直接安裝在色譜柱上，直連式保護柱或在線過濾器，其與分析柱直接連接，無需額外的管路或接頭。其優點是，使用方便，柱外死體積小。獨立式的保護柱和在線過濾器，相對于分析柱而言是獨立的，需要通過接頭和連接管路，才能和分析柱連接在一起。用戶而且可以根據不同的樣品選擇合適的保護柱長度和柱芯填料。

另外從保護柱結構的角度看，保護柱結構又分為是否可以更換保護柱柱芯，現在大多數的保護柱均可以更換柱芯，可以降低保護柱的使用成本。